目的 研究内蒙古自治区（内蒙古）阿拉善盟地区人感染布鲁氏菌的分子流行病学特征。 方法 对2015－2019年间血培养阳性的疑似布鲁氏菌，应用常规生物学和多重PCR方法鉴定临床分离菌株，应用多位点串联重复序列分析（MLVA）方法研究其分子流行病学特征。 结果 2015－2019年间阿拉善盟地区布病确诊患者中分离到23株疑似布鲁氏菌，经常规生物学和多重PCR鉴定为羊种布鲁氏菌生物3型菌株。23例病例中牧民占30.43%（7/23），农民占39.13%（9/23），皆有羊接触史。血清布鲁氏菌抗体阳性率为78.26%（18/23）。MLVA分析表明23株菌株属于我国羊种布鲁氏菌主要流行菌株基因型，根据有差异的3个位点，分离自巴彦木仁苏木的菌株主要集中在一组内，来自吉兰泰镇的2株菌株集中在另一组内。23株布鲁氏菌分别与宁夏、辽宁、山东、浙江、上海、广东省（自治区、直辖市）分离菌株相关，而与其临近的甘肃省分离菌株无相关性。 结论 内蒙古阿拉善盟地区布鲁氏菌菌株与我国的布病流行菌株一致，与宁夏、辽宁、山东、浙江、上海、广东省（自治区、直辖市）分离菌株相关。

目的 通过对2009－2011年分离的鼠疫耶尔森菌（鼠疫菌）进行生化特征鉴定，及时掌握西藏地区鼠疫菌的遗传变异情况。方法 采用传统的糖醇酵解实验和硝酸盐还原实验，将2009－2011年分离自西藏自治区的111株鼠疫菌接种在新鲜配制的生化反应管内，28 ℃培养14 d，每天观察并记录反应管中培养基的颜色变化情况。结果 111株被测菌株均可还原硝酸盐并酵解甘油，但均不能酵解鼠李糖；有9株菌阿拉伯糖代谢阳性，其中6株来自那曲地区，3株来自藏南谷地；其余102株菌阿拉伯糖代谢结果为阴性。结论 被试菌均为古典型鼠疫菌，分离自藏北高原那曲地区的鼠疫菌均为青藏高原生态型菌株；分离自藏南谷地的鼠疫菌绝大部分属于冈底斯山生态型，且有3株表现出青藏高原生态型菌株特征，需进一步应用分子生物学方法对其遗传标记进行深入分析。

目的 研究鼠疫菌基因组中3种常见质粒的基因构成和分布特征。方法 应用编码基因序列相似性比对和生物信息学软件自动分析2种方法,分别对国际上已完成全基因组测序的9株鼠疫菌的鼠毒素质粒(pMT1)、低钙反应质粒(pCD1)和鼠疫菌素质粒(pPCP1)进行整体结构的比较分析。结果 pMT1质粒上存在基因大片段的重新排列,整条质粒被划分成4个主要的基因模块。CO92、KIM和91001菌株分属于东方型、中世纪型和田鼠型3个不同的生物型,他们的pMT1质粒结构各有特点;Nepal 516等其余6株菌均是古典型鼠疫菌,他们的pMT1质粒结构基本一致,且与其他3个生物型鼠疫菌株的pMT1质粒结构不同。pCD1质粒被划分成3个主要的基因模块,但整体结构在不同菌株中并无差异,只有IS100在质粒中的插入位置各不相同。pPCP1质粒上所有编码基因的排列顺序和方向在各菌株中完全相同。结论 鼠疫菌pCD1和pPCP1质粒的基因结构比较稳定,而pMT1质粒结构在鼠疫菌的长期进化过程中发生了一定程度的变异。

目的 建立一种快速区分鉴别田鼠型与非田鼠型鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)的分子分型方法。方法 设计特异引物对93株不同来源、不同生物型鼠疫菌的天冬氨酸酶基因(aspA)进行PCR扩增,用限制性内切酶Hpy CH4Ⅳ对扩增产物进行限制性片段长度多态性(RFLP)分析;直接测序法检测aspA基因多态性。结果 aspA基因扩增产物经Hpy CH4Ⅳ酶切后呈现2种基因型:田鼠型鼠疫菌(38株)均为101、126 bp 2个条带;非田鼠型鼠疫菌(55株)均为227 bp单一条带。测序结果证实酶切识别位点发生突变导致带型差异。结论 初步建立了鼠疫菌PCR-RFLP(聚合酶链反应-限制性片段长度多态性)法aspA基因分型方案,通过Hpy CH4Ⅳ酶切带型差异区分高毒力的非田鼠型菌株与低毒力的田鼠型菌株,适用于疫源地流行病学调查。

目的 建立一种快速区分鉴别田鼠型与非田鼠型鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)的分子分型方法。 方法 设计特异引物对93株不同来源、不同生物型鼠疫菌的天冬氨酸酶基因(aspA)进行PCR扩增,用限制性内切酶Hpy CH4Ⅳ对扩增产物进行限制性片段长度多态性(RFLP)分析;直接测序法检测aspA基因多态性。 结果 aspA基因扩增产物经Hpy CH4Ⅳ酶切后呈现2种基因型:田鼠型鼠疫菌(38株)均为101、126 bp 2个条带;非田鼠型鼠疫菌(55株)均为227 bp单一条带。测序结果证实酶切识别位点发生突变导致带型差异。 结论 初步建立了鼠疫菌PCR?RFLP(聚合酶链反应-限制性片段长度多态性)法aspA基因分型方案,通过Hpy CH4Ⅳ酶切带型差异区分高毒力的非田鼠型菌株与低毒力的田鼠型菌株,适用于疫源地流行病学调查。

目的 检测宿主动物血清中鼠疫菌素(Pesticin,Pst)抗体,探究Pst作为鼠疫抗体检测诊断试剂的可能性。方法 采用重组Pst和鼠疫F1抗体间接ELISA法,对351份不同来源的鼠疫宿主动物血清样本进行检测。结果 在鼠疫感染的宿主动物体内可以检测到Pst抗体,Pst抗体水平随着F1抗体水平的升高而明显升高,鼠疫患者血清中20个月时ELISA检测A值为0.438,Pst抗体维持在可检出水平。结论 Pst抗体检测方法可以与传统鼠疫F1 抗体检测相结合,使鼠疫抗体检测方法更具可靠性。

鼠疫噬菌体是一种特异性很强的鼠疫耶尔森菌（Yersinia pestis，鼠疫菌）的细菌病毒，一直被用来进行鼠疫病原体的鉴定。鼠疫噬菌体的早期研究主要以如何在自然界分离、生物学特性、诊断和治疗鼠疫，近年来，随着微生物基因组和蛋白质组学技术的发展，揭示了鼠疫噬菌体在鼠疫菌进化过程中所发生的作用。现就鼠疫噬菌体的研究进展，尤其是基因组的结构、与宿主菌在致病和免疫相关研究做一些介绍，为研发新型分子生物学技术和鼠疫治疗药物提供帮助。

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms，SNPs)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性，包括同义SNPs(synonymous SNPs，sSNPs)和非同义SNPs(non-synonymous SNPs，nSNPs)。随着测序技术的迅速发展，获得了大量细菌全基因组序列，使得通过测序技术及生物信息学方法寻找潜在的SNPs位点成为可能。并且，由于SNPs本身的特性，使其作为一种新的分子标记，在细菌分型与进化、流行病学调查研究中得到广泛应用。该文主要阐述基于全基因组寻找SNPs位点，并建立以SNPs数据为基础的鼠疫菌微进化研究分析的研究进展状况。

目的 研究我国土拉弗朗西斯菌(土拉菌)亚种类型及各菌株之间的遗传进化关系。方法 对于来源于我国北方地区的10株土拉菌，采用2种型特异引物C1C4和RD1进行PCR，根据扩增产物片段长度来判断所属亚种；同时，使用fopA、tul4和16S rRNA引物，进行3种特异基因的PCR，然后测序；这10株土拉菌及网上已公布基因组序列的3株B型土拉菌、1株subsp. novicida，应用MEGA 4软件，进行3种特异基因为基础的系统进化分析。结果 采用2种型特异引物C1C4和RD1，鉴定10株土拉菌均为B型亚种；根据MEGA 4构建的进化树，我国10株土拉菌可以分为2种基因型，410108、410109和410111为B1型，另外7株土拉菌为B2型；而国外的3株B型土拉菌归为B3型。结论 我国北方地区分离的土拉菌可能以B型为主，对于土拉菌B型亚种的起源，我国土拉菌可能早于欧美国家。3种基因为基础的系统进化分析可作为土拉菌基因分型的一种可靠方法。

青藏高原喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地是我国最活跃的鼠疫疫源地之一，特别是进入20世纪90年代以来，动物疫情连年不断，且在局部地区呈现暴发流行并时有波及到人间。该文系统分析了青藏高原喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地的地理、动物鼠疫及人间鼠疫流行规律、鼠疫病原学特性以及鼠疫监测的现状，为进一步发展和调整防控对策提供科学依据。

目的 客观评价血凝试验、胶体金试验、ELISA和PCR 4种检测方法的灵敏性。方法 对于血清学方法中的F1抗体检测，评价检出的全菌免疫兔抗血清最低稀释度；F1抗原检测，评价检出的最低浓度。对于分子生物学方法，评价同时检出fra基因和pla基因的模板最低浓度。结果 对于F1抗体检测，间接血凝试验检出的最低稀释度是1∶64，胶体金试验是1∶1000，ELISA是1∶204 800。对于F1抗原检测，反向血凝试验检出的最低浓度是2 ng/ml，胶体金试验是50 ng/ml。fra、 pla基因同时检出，模板的最低浓度是0.21 ng/μl。结论 在以抗体IgG为主的血清中，ELISA法对于F1抗体检测的灵敏性较高。反向间接血凝试验对于F1抗原检测的灵敏性较高。为减少误诊率，采用PCR诊断鼠疫菌要求最低模板浓度是0.21 ng/μl。

【摘要】 基因预测一般指预测DNA序列中编码蛋白质的部分。其方法主要有两大类：一类是基于相似性的预测方法，即利用已知的mRNA或蛋白质序列为线索在DNA序列中搜寻所对应的片段，达到基因预测的目的；另一类是基于统计学模型的从头预测方法，即利用统计学模型训练出相应参数，再对基因进行预测，这种方法可不依赖已知的DNA序列进行预测。现就基因预测的方法、基因预测中存在的一些问题等做一概述。

内毒素是鼠疫耶尔森菌的毒力因子之一,在鼠疫菌的致病过程中起到了非常重要的作用。鼠疫菌内毒素与其他细菌内毒素之间的差异,导致了鼠疫菌的某些特性。目前对鼠疫菌内毒素的研究仍然存在许多问题,确定内毒素在蚤和哺乳动物中的精确结构对深入研究内毒素的生物学活性具有重要意义。

目的 了解新发现的玉龙鼠疫菌的遗传特征,分析其与中国各型鼠疫菌的亲缘关系。方法 根据鼠疫菌CO92株基因组DNA中的6个IS285位点设计引物,利用聚合酶链反应(PCR)对玉龙鼠疫菌及我国其他各型鼠疫菌进行分析,通过SPSS软件对结果进行聚类。结果 与CO92相比,我国鼠疫菌的某些IS285位点存在变异。5株玉龙鼠疫菌中有4株结果一致,另1株的一个位点发生变异。通过6个位点的PCR,可以将我国鼠疫菌聚为8类。所研究的5株玉龙鼠疫菌分别属于2种聚类,其中4株与滇西纵谷型、滇闽居民型及大部分灰旱獭菌株、全部喜马拉雅旱獭菌株聚为一类。结论 对玉龙鼠疫菌的遗传特征获得初步了解,提示玉龙菌株在我国鼠疫菌传播演化过程中可能具有较重要地位。

目的 探讨应用奋斗呐可湿性粉剂对家鼠鼠疫疫源地滞留喷洒后,对其鼠体蚤及地面游离蚤的灭效。方法 将5%的奋斗呐可湿性粉剂配制成1∶160浓度的水悬剂型实施地面滞留喷洒,室内外(包括禽畜圈栏)均匀喷洒(80 ml/m ²);墙角、狗窝、鼠洞及有鼠迹的地方重点喷药(150～180 ml/m ²);每户用药量按100 g的原药计算。通过灭蚤前后的蚤指数变化情况,调查评估灭效。结果 对鼠体蚤的杀灭效果为33.54%,地面游离蚤的灭效为71.39%。结论 在现场对鼠体蚤的杀灭效果十分有限,但农村室内外环境卫生的综合治理也很重要。

目的 对鼠疫F1抗原(抗体)ELISA检测试剂盒进行现场应用评价。方法 结合鼠疫常规监测工作,对现场采集的标本同时进行常规鼠疫检验和ELISA检测,然后进行统计分析。结果 鼠疫菌分离培养和ELISA检测人和动物脏器标本1798份,ELISA与鼠疫菌分离培养比较检出率较高(7.01%),符合率可达98.23%,鼠疫抗原ELISA检测试剂盒敏感性好、时间短。ELISA抗体检测试剂盒与间接血凝试验检测人和动物血清1份,结果无明显差异,但符合率低,ELISA加胶体金标记层析检测鼠疫F1抗体阳性可提高符合率(91.56%)。结论 鼠疫F1抗原(抗体)ELISA检测试剂盒可以用于鼠疫的早期快速诊断。

目的 研究一种快速、特异的检测鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)的多重聚合酶链反应(PCR)方法。方法 选用针对鼠疫菌F1抗原基因、 pla基因、 inv基因和一段鼠疫特异染色体序列设计的4对引物,以鼠疫菌及其他肠道致病菌DNA为模板并加入内部对照模板,在同一扩增体系中进行PCR扩增。结果 鼠疫菌DNA模板可扩增出预期产物,而其他菌株只能扩增出内部对照模板的片段。结论 多重PCR方法具有较高的特异性。可迅速、有效地将鼠疫菌与其他肠道致病菌相鉴别,也可应用于鼠疫监测。

目的 建立多引物检测鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)的PCR(M-PCR)方法。方法 合成4对引物,分别来源于质粒和染色体DNA上F1、 pla、 HmsI、 nv基因,对164株鼠疫菌进行扩增。结果 在164株鼠疫菌中,有152株菌4种基因扩增均阳性,仅云南省12株Hms基因扩增为阴性。结论 采用M-PCR方法检测鼠疫菌DNA具有较好的敏感性、特异性和稳定性,其可作为检测与鉴别鼠疫菌和疫情监测方面快速诊断的方法。

目的应用荧光定量聚合酶链反应(PCR)法检测土壤和动物脏器中鼠疫耶尔森菌,评价并优选环境样品目标核酸的纯化方法。方法应用TaqMan荧光定量PCR技术,以鼠疫耶尔森菌 pla、 caf1、 hms引物、探针为指标,比较不同种从土壤和脏器中纯化鼠疫耶尔森菌核酸的方法。结果应用NaI-Glassmilk方法及荧光定量PCR检测土壤中的鼠疫菌,检出底限为10 ⁴拷贝/g土壤(pla),从染疫动物脾脏、肝脏标本中也能敏感检出鼠疫菌。结论荧光定量PCR方法和NaI裂解Glassmilk制备模板联合应用可灵敏特异地从土壤和动物脏器中检测鼠疫耶尔森菌。

目的探讨中国鼠疫菌株生化表征的遗传变异与分型地位。方法采用平皿-单菌落法,实验观察我国17个生态型共336株鼠疫菌酵解麦芽糖、鼠李糖、阿胶糖、甘油及脱氮反应的变化。结果发现松辽平原、滇闽居民区和滇西纵谷区3个生态型部分菌株对甘油、阿胶糖、麦芽糖酵解有变异,可同时出现酵解和不酵解的单菌落,而且特性较稳定;其余14个生态型鼠疫菌单菌落酵解能力与过去资料报道一致无明显变化;根据实验结果可将中国鼠疫菌分为12个生化型。结论我国鼠疫菌对糖酵解特性稳定,具有一定的分型意义,滇闽居民区与滇西纵谷区生态型鼠疫菌株可能源于一个祖先。

目的:快速检测炭疽芽孢杆菌。方法:质粒提取及PCR扩增。结果:用两对引物扩增,阳性样本可分别扩出两条877bp和1089bp左右的条带,阴性样本未扩增出。结论:所采用的方法可快速检测出环境中的炭疽芽孢杆菌,并可对其致病性进行评价。

目的:对四川省石渠县鼠疫耶尔森菌的遗传特性进行分析,并与其他类型的鼠疫菌株相比较。方法:特征性基因的PCR扩增、随机扩增多态性DNA、脉冲场电泳、rRNA基因指纹图分析等。结果:石渠县的菌株为典型的鼠疫菌株,具有鼠疫强毒菌的典型特征。从该县青海田鼠中分离的鼠疫菌株,其分子生物学特征与我国其他疫源地中的鼠疫菌株明显不同。结论:该地可能存在一种新类型的鼠疫自然疫源地,其鼠疫菌属于一单独型别;1999年该县发生的人间鼠疫,感染来自该疫源地之外;对该疫源地仍须密切监视,以确定其对人类的威胁。

目的:显示不同鼠疫菌株之间的遗传学关系。方法:将鼠疫菌株间的相似程度数值化,进行聚类分析。结果:检验菌株可以聚为2个亚种4个型。结论:由一次流行而生的型彼此间相似程度较高,因各固有疫源地而生的型,其间的差异更为显著。

目的:研究鼠疫耶尔森氏菌的插入序列IS 1541的插入位点的特性。方法:用一条锚定的IS 1541内部锚定引物和一条随机引物进行PCR扩增;核酸分子杂交技术;克隆;测序。结果:14株鼠疫菌的扩增图谱基本相同,杂交图谱差异,可分成3种类型。克隆、测序其中一个片段,其序列仅在两端的引物区与IS 1541同源,而与 E.coliK-12 MG 1655的 prlc 基因同源性较高。结论:IS 1541在鼠疫菌中的分布有差异,可以作为该菌的基因标志,用于分型。